Mr.Kill, yeraltı çizgi romanlarından ilham alan korkunç cinayetleri araştıran bir manga sanatçısı ile kararlı bir polis memurunun karanlık soruşturmasını konu alır. İlk başta kurgu ile gerçek arasındaki ürkütücü benzerlikleri çözmeye çalışan ikili, olayların derinlerine indikçe cinayetlerin yalnızca rastgele işlenmediğini fark eder. Her yeni ipucu, onları kendi geçmişlerine uzanan ortak bir trajediye yaklaştırır ve saklı kalan gerçekler tehlikeli biçimde gün yüzüne çıkar.