Wayward Pines, dışarıdan bakıldığında kusursuz görünen Amerikan kasabasının ardındaki karanlık gerçeği konu alır. Güzel evler, düzenli bahçeler ve güven içinde oynayan çocuklarla huzurlu bir yer izlenimi veren kasaba, aslında kimsenin terk edemediği ürkütücü bir hapishaneye dönüşmüştür. Dış dünyayla hiçbir bağlantısı kalmayan insanlar, zamanla akıllarını kaybettiklerini düşünmeye başlar. Wayward Pines’ta gerçek ile paranoya arasındaki çizgi giderek silinir.